นักวิทยาศาสตร์ถอดรหัสพันธุกรรมโควิด-19 พบสายพันธุ์แอฟริกาใต้ จากคลัสเตอร์ อ.ตากใบ จ.นราธิวาส
เมื่อวันที่ 22 พ.ค.มีการเผยแพร่รายงานสำหรับประชาคมวิทยาศาสตร์ เรื่อง การระบาดในประเทศของเชื้อ สายตระกูล B.1.351 (20H/501Y.V2) ระบุว่า ปัจจุบันประเทศไทยมีการระบาดในประเทศของเชื้อโรคติดเชื้อไวรัสโคโรนา 2019 (COVID-19) สายตระกูล B.1.351 (20H/501Y.V2) หรือที่มักเรียกกันในสื่อว่าเชื้อสายพันธุ์แอฟริกาใต้ ทางกลุ่มพันธมิตร COVID-19 Network Investigations (CONI) ได้รับการประสานจากทางกระทรวงสาธารณสุขให้ร่วมสืบสวนคลัสเตอร์ที่ อ.ตากใบ จ.นราธิวาส โดยได้รับข้อมูลว่าอาจเป็นคลัสเตอร์ติดเชื้อต่อเนื่องในประเทศไทย จากผู้ลักลอบเข้าเมือง จากการถอดรหัสพันธุกรรมระดับจีโนมพบว่าเป็นเชื้อสายตระกูล B.1351 ทางกลุ่มฯ ได้ส่งต่อข้อมูลทั้งหมดให้กับหน่วยงานของกระทรวงสาธารณสุขในระดับภูมิภาคและระดับชาติเพื่อสื่อสารกับประชาชนต่อไป ทั้งนี้ทางกลุ่มขอสื่อสารข้อมูลชุดนี้ให้ประชาคมวิทยาศาสตร์เพื่อร่วมกัน ติดตาม เฝ้าระวัง และพัฒนาวิธีป้องกันรักษาโรค โดยมีรายละเอียดดังนี้
1.ตัวอย่างชุดนี้จัดเก็บโดยทางกระทรวงสาธารณสุข เมื่อวันที่ 13 พ.ค.2564 ทางกลุ่มฯ ได้รับตัวอย่างเมื่อวันที่ 17 พ.ค.2564 และคัดเลือกมาสามตัวอย่าง เพื่อถอดรหัสพันธุกรรมระดับจีโนม โดยตำแหน่งที่ถอดได้มีลำดับการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมตรงกับสายตระกูล B.1.351 ตามระบบ PANGO
2.การถอดรหัสใช้วิธี MinION ของ Oxford Nanopore Techonlogies
3.Genomic Coverage ของสามตัวอย่างอยู่ที่ 85.01 เปอร์เซ็นต์ 90.11 เปอร์เซ็นต์ และ 84.93 เปอร์เซ็นต์ ตามลำดับ ปกติวิธีที่ใช้จะได้ coverage ประมาณ 95-98 เปอร์เซ็นต์ แต่ตัวอย่างน่าจะมีการเสื่อมสลายระหว่างขนส่ง เพราะวิธีการอื่นที่ใช้วิเคราะห์ตัวอย่างนี้ก็มีปัญหาคล้ายคลึงกัน อย่างไรก็ตีดำแหน่งที่ได้เพียงพอต่อการกำหนดสายตระกูล ทางทีมถอตรหัสจะใช้วิธีการ Illumina เพื่อเพิ่ม coverage ของตัวอย่างชุดนี้ต่อไป
4. ทางกลุ่มจะนำข้อมูล BKKCOVID721 ที่ได้เข้าสู่ระบบ GISAID และจะรวมเข้าไปใน Nextstrain build รอบถัดไป พร้อมทั้งติดตามต้นตอการระบาดด้วยวิธี Maximum-likelihood และ Bayesian analyses โตยปกติทางกลุ่มจะนำเสนอข้อมูลให้กระทรวงสาธารณสุขและนำข้อมูลเข้า GISAID โดยตรง แต่เนื่องจากข้อมูลชุดนี้มีความสำคัญ ทางกลุ่มจึงนำมาแสดงต่อประชาคมวิทยาศาสตร์ทันที
5.เชื้อสายตระกูล B.1.351 มีการกลายพันธุ์ในตำแหน่งที่คาดว่ามีผลกระทบต่อการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกันมนุษย์ต่อไวรัส และลดประสิทธิภาพการทำงานของวัคซีน แต่มิได้แปลว่าวัคซีนจะใช้ไม่ได้ เพียงแต่ต้องเพิ่มอัตราส่วนประชากรผู้ได้รับวัคซีนให้สูงขึ้นเพื่อเกิดการป้องกันระดับประชากร
ทางกลุ่ม CONI ประกอบด้วยนักวิทยาศาสตร์ที่สังกัดสถาบันในไทยและต่างประเทศ ทางกลุ่มทำการถอตรหัสโดยไม่เก็บค่าใช้จ่ายเพื่อช่วยหน่วยงานด้านการแพทย์และสาธารณสุขสืบสวนโรคและติดตามการระบาดในระดับประชากร
สำหรับข้อมูลดังกล่าวจัดเตรียมโดย
นายขจร จุลศักดิ์ (AFRIMS)
ผศ.ดร.ธนรรถ ชูขจร (มหาวิทยาลัยมหิดล)
พญ.ดร.ธีรรัตน์ คชการ (Molecular Infection Medicine Sweden)
น.ส.น้ำฝน โคตะนันท์ (มหาวิทยาลัยมหิดล)
ศ.ดร.วสันต์ จันทราทิพย์ (มหาวิทยาลัยมหิดล)
น.ส.วิภาพร ทับทิมทอง (มหาวิทยาลัยมหิดล)
ดร.อลิซาเบธ แบตตี้ (มหาวิทยาลัยมหิดล/Oxford University)
ดร.อินทรีย์ เสนสอน (มหาวิทยาลัยมหิดล)
ดร.เอกวัฒน์ ผสมทรัพย์ (มหาวิทยาลัยมหิดล)
ความเห็นประกอบข้อมูลดังกล่าวมิใช่ของต้นสังกัด
