เมื่อช่วงเช้าวันที่ 2 มิ.ย.60 ตำรวจภูธรภาค 8 และ ภ.จว.นครศรีธรรมราช นำโดย พล.ต.ท.เทศา ศิริวาโท ผบช.ภ.8 ได้นำกำลังเจ้าหน้าที่ไปที่วัดท่าวังตะวันตก อ.เมือง จ.นครศรีธรรมราช เพื่อทำการขุดหาร่างของ "สามเณรปลื้ม" อายุ 17 ปี ที่หายตัวไปประมาณ 5 เดือนอย่างไร้ร่องรอย ก่อนตำรวจชุดสืบสวน บก.ภ.จว.นครศรีธรรมราช ได้จับกุมตัว "พระเด่น" พระลูกวัดเดียวกัน พร้อมฆราวาส ที่ให้การรับสารภาพว่าร่วมกันก่อเหตุลงมือฆ่า "สามเณรปลื้ม" แล้วนำศพไปฝังใต้ต้นตะเคียนภายในวัด และต่อมาได้มีการเทพื้นคอนกรีต พร้อมนำพระพุทธรูปมาตั้งวางทับไว้เพื่อไม่ให้ใครสงสัย โดยสาเหตุเนื่องจากทะเลาะกันเรื่องเงินภายในวัดที่หายไป ตามที่เสนอข่าวไปแล้วนั้น
ต่อมาเวลา 11.50 น. หลังเจ้าหน้าที่ได้ทำพิธีขอขมาและอัญเชิญพระพุทธรูปที่มีการนำมาตั้งไว้บริเวณจุดที่ระบุว่ามีการฝังร่างของ "สามเณรปลื้ม" ออก จากนั้นได้มีการนำรถแบ็กโฮมาทำการขุดเปิดแผ่นปูน และขุดลงไปในดินลึกประมาณ 1 เมตรเศษ ก็พบร่างของผู้เสียชีวิตที่คาดว่าจะเป็น "สามเณรปลื้ม" ตามที่ผู้ต้องหาได้ให้การไว้ โดยศพอยู่ในลักษณะนอนตะแคงขวาคุดคู้อยู่ภายในหลุม สวมเสื้อยืดคลายกับเสื้อกีฬา สภาพเน่าเปื่อยจนจำสภาพเดิมไม่ได้เนื่องจากเสียชีวิตมาเป็นเวลานาน ทั้งนี้ พบว่าหลุมดังกล่าวมีการเทปูนทับเป็นชั้นๆ และมีการโรยปูนขาวเพื่อกลบกลิ่นศพ เจ้าหน้าที่จึงนำร่างดังกล่าวขึ้นมา เพื่อส่งไปชันสูตรยืนยันอย่างละเอียดว่าใช่ "สามเณรปลื้ม" หรือไม่
ภายหลังจากที่มีการขุดพบศพ ทั้งญาติของ "สามเณรปลื้ม" และชาวบ้านที่มาร่วมดูการขุดหาศพ ต่างพากันเศร้าสลดใจ และวิพากษ์วิจารณ์ถึงเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นภายในวัดที่พระได้ลงมือฆ่าสามเณร ซึ่งเป็นเรื่องที่น่าเศร้าสลดของวงการพุทธศาสนา ขณะเดียวกันมีรายงานด้วยว่า ขณะนี้ตำรวจได้คุมตัวผู้ต้องหาไว้แล้วทั้งหมด 5 คน เป็นพระสงฆ์ 2 รูป สามเณร 2 รูป และหญิงฆราวาสอีก 1 คน โดยจะมีการแจ้งข้อหาร่วมกันฆ่าผู้อื่นโดยเจตนา และซ่อนเร้นอำพรางศพต่อไป